Mặc dù Thông tư 68/2019/TT-BTC đã chính thức có hiệu lực thi hành, tuy nhiên, để chuẩn bị các cơ sở vật chất kỹ thuật để doanh nghiệp có thể triển khai sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 68, thì hiện tại, quá trình sử dụng hóa đơn điện tử của các doanh nghiệp hiện nay vẫn đang thực hiện theo các văn bản Thông tư, Nghị định, Nghị quyết cũ. Thông tư 68 cũng quy định rõ các các văn bản vẫn còn hiệu lực thi hành đến hết ngày 31/10/2020.
Thông tư số 32/2011/TT-BTC ngày 14 tháng 03 năm 2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khởi tạo, phát hành và sử dụng hóa đơn điện tử bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;
Thông tư số 191/2010/TT-BTC ngày 01 tháng 12 năm 2010 hướng dẫn việc quản lý, sử dụng hóa đơn vận tải;
Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31 tháng 3 năm 2014 của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25 tháng 8 năm 2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27 tháng 02 năm 2015 của Bộ Tài chính);
Quyết định số 1209/QĐ-BTC ngày 23 tháng 6 năm 2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc thí điểm sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực của cơ quan thuế, Quyết định số 526/QĐ-BTC ngày 16 tháng 4 năm 2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc mở rộng phạm vi thí điểm sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực của cơ quan thuế.
Quyết định số 2660/QĐ-BTC ngày 14 tháng 12 năm 2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc gia hạn thực hiện Quyết định số 1209/QĐ-BTC ngày 23 tháng 6 năm 2015;
Thông tư số 37/2017/TT-BTC ngày 27 tháng 4 năm 2017 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31 tháng 3 năm 2014 của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25 tháng 8 năm 2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27 tháng 02 năm 2015 của Bộ Tài chính).
Từ ngày 01 tháng 11 năm 2020, các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh phải thực hiện đăng ký áp dụng hóa đơn điện tử theo hướng dẫn tại Thông tư 68/2019/TT-BTC.
Từ ngày 01 tháng 11 năm 2020, các Thông tư, Quyết định của Bộ Tài chính nêu trên sẽ hết hiệu lực thi hành.
Như vậy hiện nay, doanh nghiệp vẫn sử dụng hóa đơn điện tử theo các văn bản hiện hành trên. Đây cũng là thời gian để doanh nghiệp chuẩn bị tốt các cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật để tiến hành triển khai sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 68. Trong thời gian này, nếu doanh nghiệp đã sẵn sàng chuyển đổi sang sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 68 thì sẽ được khuyến khích đổi.
